《斗神姬》主要基于原创剧本开发，并未改编自广为人知的特定长篇轻小说或经典漫画。虽然其世界观设定（如神代遗迹、异星幸存者）可能借鉴了部分日系科幻作品的常见元素，但故事主线、角色设计及具体情节均为独立创作。因此，观众无需担心“魔改”问题，可以直接将其视为一部独立的原创科幻机甲动画进行欣赏。

在《斗神姬》的故事开端，女主角阿拉什的姐姐在涅加尔袭击事件中下落不明，这是驱动阿拉什踏上冒险旅程的核心动机。随着剧情推进，姐姐的行踪逐渐显露出与“神代遗迹”秘密及斗神机启动条件的深层关联。她的失踪并非偶然，而是牵涉到上一代幸存者遗留的重大阴谋与牺牲，阿拉什寻找姐姐的过程也是揭开世界真相的关键线索。