《档案》的核心卖点正是基于真实的历史档案和司法卷宗。节目组声称所有素材均源自解密档案、采访实录及权威史料，力求还原事件本来面目。虽然为了电视呈现效果，部分场景会通过演员重现或模拟画面来展示，但其叙事逻辑、人物关系和关键证据链严格遵循史实。对于敏感或未完全公开的细节，节目通常会依据官方定论进行陈述，因此被视为国内较为严肃可信的纪实类栏目之一。

吕军和黄炜作为《档案》的创始导演团队，奠定了节目“冷峻中见温情，悬疑中求真实”的基调。他们强调节奏控制，善于在平铺直叙的档案罗列中制造悬念钩子。相比后来一些追求感官刺激的同类节目，早期《档案》更注重逻辑推演的严密性，不滥用恐怖音效，而是通过剪辑手法让史料本身产生压迫感。这种克制而专业的导演风格，保证了节目在长达十余年的播出中始终维持较高的口碑下限。